در پیام محمد باقر قالیباف رئیس مجلس شورای اسلامی آمده است: ارتحال عالم جلیل‌القدر حضرت حجت‌الاسلام‌والمسلمین حاج سید جعفر طباطبایی استاد اخلاق و از علما و وعاظ برجسته شهر مشهد مقدس موجب تاسف و تالم شد.
این روحانی فرهیخته و بزرگوار و خادم بارگاه ملکوتی حضرت ثامن‌الحجج علیهم السلام عمر پربرکت خویش را در راه ترویج و تبیین معارف اسلامی و شعائر اهل بیت علیهم السلام و گسترش امور فرهنگی و تبلیغی معطوف داشتند که به‌طور قطع حاصل خدمات ایشان ماندگار خواهد بود.
رئیس مجلس شورای اسلامی در پایان این پیام ضمن عرض تسلیت به روحانیت معظم و حوزه‌های محترم علمیه شهر مشهد مقدس، شاگردان و ارادتمندان و بیت مکرم، برای آن عالم ربانی رحمت واسعه و علو درجات و برای بازماندگان صبر و اجر از درگاه خداوند متعال مسئلت کرده است.
