میکروبیوم‌های روده وظایف متعددی نظیر تجزیه مواد خوراکی که قابل هضم در بدن نیستند را انجام می دهند. عوامل مختلفی بر میکروبیوم روده تاثیر می گذارند که از آن جمله رژیم غذایی ما به عنوان یکی از اصلی‌ترین موارد تاثیرگذار بر سلامت روده شناخته می‌شود.
به گفته محققان، ما می‌توانیم با توجه به رژیم غذایی‌مان، در میکروبیم‌های روده تعادل ایجاد کرده و سلامت گوارشی خوبی داشته باشیم.
فیبر رژیمی حاصل از مواد غذایی مانند میوه ها، سبزیجات، آجیل، حبوبات و غلات سبوس دار بهترین سوخت برای باکتری‌های روده تلقی می شوند. فیبر موجب ایجاد اسیدهای چرب با زنجیره کوتاه می شود روده را تغذیه کرده، عملکرد سیستم ایمنی بدن را بهبود بخشیده، و به جلوگیری از التهاب کمک کرده و در نتیجه خطر ابتلا به سرطان کاهش می یابد. بنابراین، هرچقدر فیبر بیشتری مصرف کنیم، باکتری های بیشتر هضم کننده فیبر در روده مان تشکیل می‌شوند.
رژیم غذایی کم فیبر که عمدتا متشکل از مواد غذایی فرآوری شده است به معنای سوخت کمتر برای باکتری‌های روده بوده و در حقیقت این باکتری‌ها تا زمان مرگ گرسنه باقی خواهند ماند.
همچنین مواد خوراکی سرشار از چربی رژیمی از جمله شیر پرچرب و نوشابه‌های پرقند نیز با کاهش تنوع باکتریایی مرتبط هستند.
مواد غذایی حاوی پروبیوتیک نیز بسیار برای حفظ سلامت باکتری‌های روده مهم هستند.
